Từ năm 2001 đến nay, Trung ương Đoàn và Học viện đã tập trung đầu tư và nâng cao chất lượng dạy và học, nâng cao chất lượng nhiên cứu và phục vụ, tăng cường đầu tư cơ sở vật chất, hoàn thiện chương trình đào tạo, từng bước đưa Học viện Thanh thiếu niên Việt Nam hoà nhập vào hệ thống giáo dục Đại học quốc dân.